Αντικείμενο καλλιτεχνικής έρευνας της Ελένης Παπαϊωάννου αποτελούν η σχέση του έργου τέχνης με τον αρχιτεκτονικό – δημόσιο χώρο, η έννοια του εφήμερου και η σχέση ύλης, ήχου και κίνησης στον χώρο. Δημιουργεί in situ εγκαταστάσεις μεγάλης κλίμακας, με εννοιολογικούς συσχετισμούς σε σχέση με την αρχιτεκτονική του εκάστοτε χώρου, τον οποίο και επιλέγει η ίδια. Τα έργα της παρουσιάζονται συνήθως εκτώς καθιερωμένων εκθεσιακών χώρων - όπου ο θεατής έρχεται σε επαφή με το έργο τυχαία.
Δημιουργεί ένα σύμπλεγμα αντίθετων υλικών όπως για παράδειγμα με νερό, φυτά, πλασικό, επεξεργασμένους ήχου, ύφασμα, γούνα και γύψος και χρησιμοποιεί την αργή κίνηση – ήτε πρόκειται για την κίνηση της ανάπτυξης των φυτών, ήτε για εναν αργά επαναλλαμβανόμενο ήχο, για να δημιουργήσει ένα είδος επιβράδυνσης της αντίληψης του θεατή.
